HANDLUNG: Sean Anderson wird von der Polizei festgenommen, nachdem er bei einer kurzen Verfolgungsjagd mit seinem Motorrad in einem Swimmingpool gelandet ist. Sein Stiefvater Hank Parsons holt ihn ab und bringt ihn nach Hause zu seiner Mutter Liz. Hank und Liz bekommen erst später heraus, dass Sean in ein Satelliten-Forschungszentrum eingebrochen ist, um das Signal von einem Code zu lösen. Hank erfährt, dass Sean glaubt, dass der Code von seinem Großvater Alexander Anderson stammt, der seit zwei Jahren verschwunden ist. Die beiden können den Code aus Jules Vernes Begriffen entschlüsseln und erfahren, dass der Code sie auf die Bücher Die Schatzinsel, Gullivers Reisen und Jules Vernes Die geheimnisvolle Insel bringt. Sean erkennt, dass alle Bücher auf einer Insel spielen und schlussfolgert, dass es in allen Büchern um die gleiche Insel geht. Mit Hilfe der Inselkarten aus den Büchern sehen die beiden, dass die Karten zusammengehören und sie eine Insel mit Koordinaten ergeben. Sean will sofort dorthin aufbrechen, doch Hank verbietet es ihm. Doch dann überlegt es sich Hank anders und er erlaubt es ihm. Sean und Hank reisen nach Palau und suchen dort eine Transportmöglichkeit. Doch niemand will sie zu den Koordinaten bringen, außer Gabato, der den Job macht, um an Geld zu kommen. Zusammen mit Gabatos Tochter Kailani, in die sich Sean gleich verliebt, machen sie sich für 3000 US-Dollar auf den Weg. Aber der Hubschrauber gerät in einen Sturm und sie alle stürzen ab und erwachen auf einer Insel wieder.

Als die Gruppe die Insel erforscht, entdecken sie, dass hier alle großen Tiere klein, z. B. ein Elefant, und die kleinen Tiere groß sind. Unterwegs werden sie von einer gigantischen Eidechse angegriffen, sie werden jedoch von Alexander gerettet. Er führt sie zu seiner Hütte, die er aus dem Wrack des Schiffes baute, welches ihn auf die Insel gebracht hat. Kailani will sofort ein Notsignal ans Festland schicken, doch Alexander teilt ihnen mit, dass die Position des Kommunikationssatelliten erst wieder in zwei Wochen an der richtigen Stelle sein wird. Am nächsten Tag führt er die Gruppe zu der verlorenen Stadt Atlantis. Er erklärte den anderen, dass die Insel alle 140 Jahre versinkt und dies erst wieder in einigen Jahren soweit sein wird. Doch Hank meint, dass Alexanders Berechnungen falsch seien, da es Beweise gibt, dass die Insel schon in den nächsten Tagen sinken wird. Der einzige Weg sich zu retten ist das U-Boot Nautilus von Kapitän Nemo, das irgendwo auf der Insel verborgen liegt. In Nemos Krypta findet Kailani das Logbuch, das den Verbleib des Schiffes dokumentiert, und sie erfahren, dass es in einer der Höhlen an der Küste liegt. Auf dem Weg zur Höhle kommen sie an einem Goldvulkan vorbei und Sean will ihn sich anschauen, doch aufgrund des Zeitmangels können sie dies nicht. Als die Gruppe auf riesigen Bienen einen großen Berg überquert, wird sie von Vögeln angegriffen, die die Bienen als Nahrung suchen. Sean und Kailani können sich retten, doch dabei rutscht Kailani von der Biene und stürzt in die Tiefe. Sean kann sie retten und Kailani ist ihm sehr dankbar. Doch sie werden immer noch von den Vögeln verfolgt, dabei stürzt Sean und verrenkt sich den Fuß, was die Gruppe erheblich verlangsamt.

Am nächsten Morgen ist rund um ihr Schlaflager das Wasser stark angestiegen. Hank meint, dass sie nur noch Stunden statt Tage haben. Sie wollen sich gerade auf den Weg machen, als Kailani merkt, dass ihr Vater verschwunden ist. Die Gruppe beschließt, dass Sean und Hank schon zur Küste vorgehen und Alexander und Kailani Gabato suchen. Als Sean und Hank an der Küste ankommen, ist die Höhle schon unter Wasser. Deshalb bauen sie sich aus Plastiktüten Druckluftflaschen und tauchen zur Nautilus hinunter. Dabei werden sie von einem riesigen Zitteraal angegriffen und können sich in letzter Sekunde ins U-Boot retten. Als sie das U-Boot starten wollen, müssen sie erkennen, dass die Batterien 140 Jahre alt sind. Hank hat die Idee den Zitteraal als Starthilfe zu benutzen, was auch funktioniert. Zur selben Zeit suchen Kailani und Alexander nach Gabato, der zum Goldvulkan gegangen ist. Als sie ihn finden, gräbt Gabato nach Gold, um seiner Tochter ein besseres Leben ermöglichen zu können. Doch Kailani kann ihren Vater überreden, dass sie so schnell wie möglich an die Küste müssen. Als sie dort ankommen, sehen sie kein U-Boot und die Insel geht langsam unter. Als die drei unter Wasser gezogen werden, werden sie von Sean und Hank, die das U-Boot starten konnten, aufgelesen. An Bord muss Gabato das Steuer übernehmen, da die untergehende Insel ihnen den Weg zum Pazifik versperrt. Hank feuert einen Torpedo ab, um den Weg frei zu bekommen. Auf dem Weg nach Hause bedankt sich Kailani für Seans Tapferkeit und küsst ihn.