Er erlernte das Schlagzeug- und Klavier-Spielen ab dem Alter von sieben Jahren; unter anderem erhielt er Unterricht bei Evert Fraterman. Zwischen 1984 und 1989 war Haffner Mitglied des deutsch-französischen Jazzensembles; später spielte er unter anderem in der Bigband von Peter Herbolzheimer, bei Chaka Khan (1994–1995) und Klaus Doldingers Passport (1989–2000). Des Weiteren spielte er auch in der NDR Bigband und der hr-Bigband Schlagzeug. Daneben ist er Studio- und Livemusiker, zudem komponiert und produziert er für andere Künstler, unter anderem für die isländische Band Mezzoforte.

Wolfgang Haffner ist im Bereich Jazz und vor allem Funk als Schlagzeuger tätig und begleitete die No Angels auf ihrem Swing-Album oder spielte bei Aufnahmen von Nils Landgren und seiner Nils Landgren Funk Unit mit, z. B. auf dem 2004 herausgebrachten Tonträger „funky abba“. 2000 ging er zusammen mit Albert Mangelsdorff, Klaus Doldinger, Manfred Schoof, Wolfgang Dauner und Eberhard Weber als Old Friends auf Tour, seit 2011 war er u. A. mit Till Brönner unterwegs.

Seine eigene Musik ist Funk. Bei den eigenen Alben und Auftritten spielt er daher häufig mit dem schwedischen Bassisten Magnum Coltrane Price von der Nils Landgren Funk Unit zusammen. Mit einem akustischen Jazztrio aus Lars Danielsson am Bass und Hubert Nuss am Piano nahm er 2008 das Album Shapes auf und gastierte auf der Jazzwoche Burghausen. In dem Jazz-Fusion-Quartett Metro gehört er neben Chuck Loeb und Mitchel Forman zur Stammbesetzung.

Für sein Album Heart of the Matter von 2012 arbeitete er mit Götz Alsmann, Till Brönner, Thomas Quasthoff, Sebastian Studnitzky und Sting-Gitarrist Dominic Miller zusammen. Im November 2014 erhielt Haffner den mit 10.000 € dotierten großen Kulturpreis der Stadt Nürnberg.

Sein Album Kind of Cool (ACT 2015) kam sowohl als CD als auch auf Vinyl heraus. Zur All Star Besetzung gehörten Jan Lundgren, Christopher Dell, Dan Berglund, Dusko Goykovich und Jukka Perko. Bereits vor Erscheinen gab der Bandleader bundesweit Konzerte mit dem Material des Albums.

Der Name des Kind of Spain Albums erklärt sich daraus, dass der Musiker bis vor kurzem auf der spanischen Insel Ibiza seinen Hauptwohnsitz hatte, bevor er kürzlich nach Deutschland zurück zog.